Parmi les conséquences de la Réforme, quelque 50 ans après l’acte de Luther, sept des dix-sept provinces des Pays-Bas, alors sous domination espagnole, choisissent de suivre cette nouvelle foi. De cette sécession des « Provinces unies » s’ensuit un conflit de 80 ans entre catholiques et réformés.

En Suisse, dans la région de La Sarraz - alors sous la domination de la maison de Savoie - l’onde de choc est également ressentie. Comme tout le reste du canton de Vaud, la ville est conquise par les Bernois en 1536 et convertie au protestantisme.

Le seigneur du château de La Sarraz possédait jusqu’alors une grande influence, due à sa position stratégique proche du défilé du Mormont, emprunté au Moyen-Age par les armées, les commerçants et les pèlerins voyageant de France en Italie. Mais la conquête bernoise met fortement à mal son pouvoir.

La baronnie de La Sarraz reste pourtant entière jusqu’en 1623, où une querelle de succession pousse les Bernois à morceler son territoire, le restreignant à La Sarraz et à Ferreyres. Les villages d’Eclepens, de Pompaples, de Chevilly et d’Orny constituent dès lors une seigneurie particulière et La Sarraz perd définitivement toute importance.