Au fil des ans, les déchets végétaux s’accumulent et comblent peu à peu les plans d’eau. L’étang est le stade le moins avancé de cet «atterrissement» - ce comblement. Mais plus son niveau d’eau diminue, plus la végétation se développe. Dans ses environs immédiats, là où le sol est gorgé d’eau mais pas submergé en permanence, s’installe la «prairie à litière», constituée de hautes herbes. En périphérie, là où la terre est encore un peu moins humide, se développent des buissons, des bosquets et enfin des arbres.

Reconnu «objet biologique d’intérêt» par le Service des forêts, de la faune et de la nature du Canton de Vaud, le site du Grand Morcel a été doté d’un plan de gestion visant à enrayer ce processus. Les premiers travaux de valorisation biologique ont été entrepris en 2006. Des petits étangs ont été creusés afin de «remonter le temps» et de recréer une situation plus proche de son état originel, alors qu’il était régulièrement inondé par l’Orbe.

De même, la prairie à litière est exploitée par un agriculteur. Cette herbe peu nutritive est fauchée à la fin de chaque été et utilisée comme litière pour le bétail. Le débroussaillage des zones colonisées par les broussailles est quant à lui pris en charge par l’équipe forestière. Enfin, des travaux de plus grande importance, tels que le curage des étangs ou l’abattage d’arbres et de buissons sont aussi effectués, à des intervalles plus espacés.